Embora a metodologia de custos tenha uma lógica comum, há particularidades para empresas industriais, comerciais e de serviços que devem ser consideradas para aumentar a precisão das informações. Cada empresa, mesmo dentro do mesmo setor, requer uma metodologia de custos customizada, pois fatores como energia elétrica, por exemplo, podem ser custo variável para uma empresa e fixo para outra.
O processo de cálculo de custos envolve o levantamento e classificação de custos fixos, mensalização de despesas, e cálculos de depreciação, horas produtivas, e custo por unidade de tempo. Para produtos, há a elaboração da ficha técnica, cálculo do custo de fabricação e comercialização, e determinação da margem de lucro e preço final. Para comércio, são analisados custos de aquisição e comercialização, com foco em margem de contribuição e lucro. Para serviços, o cálculo considera horas disponíveis, custos de comercialização e definição do preço para alcançar a margem de lucro desejada.